Архитектура Хондэна определяется его культовым стилем Нагарэ-дзукури (текучий), характеризующимся асимметричной изогнутой крышей, которая простирается вперед, чтобы защитить священную веранду. Его выветрившаяся крыша из кипарисовой коры и взаимосвязанные деревянные соединения демонстрируют древнее японское мастерство, предназначенное для защиты внутренней триады святынь без использования единого гвоздя.